De kroniekschrijver Bor vermeldt dat de geuzen op 29 september 1573 tot Voorschoten gebarrent hadden. Wouter Jacobsz schrijft op 15 oktober 1573 in zijn dagboek dat Rijnsburg, Voorschoten, Valkenburg en de abdij Leeuwenhorst nu geheel afgebrant waeren van den guesen. Waarschijnlijk is tijdens deze campagne ook de Dorpskerk in brand gestoken. In oktober 1573 begonnen de Spanjaarden met de omsingeling van Leiden, waardoor de aanvoer van voedsel geblokkeerd werd. Aan de Wadding werd een schans gebouwd en ook het dorp Voorschoten werd versterkt. Waarschijnlijk zijn hierbij ook veel huizen afgebroken om bouwmateriaal voor de versterkingen te leveren. Over de situatie in Voorschoten tijdens het beleg is niet meer bekend dan dat op 29 juli 1574 tijdens de aanval vanuit Leiden op de Boshuizerschans de Spanjaarden door middel van vuursignalen versterking inriepen vanaf de toren van Voorschoten: ‘middeler tijt deeden die vianden den anderen groote vierteeckene / sonderlinge uit de toorn van Voorschoten / waer voor hem de viant in aller ijl schansen in roeren stelden’. Dit zal wat er nog over was van de kerktoren ook niet ten goede zijn gekomen.

Het Ontzet van Leiden op 3 oktober 1574 bracht nog niet direct verlichting voor het platteland. Haarlem en Amsterdam waren op dat moment namelijk in Spaanse handen, zodat er nog steeds Spaanse troepen op het platteland rondzwierven. Een aantal ambachten, waaronder Voorschoten, werden gedwongen “beschermgeld” aan de Spaanse troepen af te dragen. Pas toen in 1576 de Spaanse soldaten Holland verlieten kwam de rust op het platteland terug en kon het herstel daadwerkelijk beginnen.

In het ambachtsarchief van Voorschoten is een aantal belastingkohieren uit de periode 1569-1579 bewaard gebleven. Deze kohieren geven nauwkeurige informatie over het aantal en de locatie van verbrande huizen. Hieruit blijkt dat Voorschoten grotendeels is verwoest: van de 135 huizen die in het belastingkohier van 1569 genoemd worden zijn er in het belastingkohier van 1576 nog maar 36 over. Met name in het noordelijk deel van het ambacht (de Rijndijk, de Wadding en het Hofland) is de verwoesting vrijwel totaal: van de 30 huizen in 1569 is er in 1576 nog maar 1 over. In het dorp neemt het aantal huizen af van 29 in 1569 naar 2 in 1576. Het zuidelijk deel van het ambacht was verder van het strijdtoneel verwijderd zodat de verwoestingen daar minder zijn: van de 75 huizen in 1569 zijn er in 1576 nog 43 over. De grotendeels ten zuiden van het dorp gelegen kastelen en versterkte huizen als Duivenvoorde, Ter Horst, Ter Lips, Roucoop en Rosenburg zijn daardoor waarschijnlijk ook gespaard gebleven. Het zou ongeveer 50 jaar duren voordat het aantal huizen in Voorschoten weer het niveau van 1569 had bereikt. Overigens werd een aantal van de verbrande huizen en boerderijen na verloop van tijd wel weer opgebouwd.