In de 16de eeuw raakt ook Voorschoten nauw betrokken bij de Nederlandse onafhankelijkheidsstrijd tegen de Spaanse koning, die in tijd de heerschappij over de Nederlanden uitoefende. De spanning was ontstaan toen Karel V in 1550 het Bloedplakkaat uitvaardigde dat elke vorm van geloofsuitingen anders dan de Rooms-katholieke verbood. Nadat zijn zoon Filips II ook nog eens nieuwe belastingen had ingevoerd, kwamen enkele steden, waaronder Leiden in opstand tegen de Spaanse koning. In 1573/74 trokken de Koninklijke troepen ten strijde tegen Leiden en belegerden de stad. Leiden had zich hierop voorbereid en rondom de stad in een cirkel aarden wallen en andere verdedigingswerken opgeworpen, waaronder ook aan de Wadding. Binnen de cirkel – van een ‘uur gaans’ – werd de bestaande bebouwing vanwege de noodzaak een overzichtelijk schootsveld te creëren, afgebroken. De afbraak, het beleg en de schermutselingen rondom de stad eisten zware tol. Toen na het Leids Ontzet op 3 oktober 1574 en de definitieve aftocht van de Spanjaarden in 1576 de balans werd opgemaakt, was er van Voorschoten weinig over. Vooral het noordelijk deel van Voorschoten had zwaar te lijden. Van de oorspronkelijke 135 huizen, resteerden er nog maar 36. De dorpskerk was overigens al voorafgaande aan de Spaanse belegering in 1573 door de Geuzen in brand gestoken
