In de 17de eeuw maakte de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden een grote bloei door. De 80-jarige oorlog, die op Nederlandse bodem was uitgevochten, was officieel in 1648 beëindigd, maar het herstel was al eerder ingezet. Scheepvaart en handel floreerden en ook de kunsten en de wetenschappen namen een grote vlucht. Voorschoten pikte een graantje mee van deze algehele welvaart, getuige de sterke toename van het aantal inwoners.
Na het Leidens Ontzet in 1574 waren veel huizen, boerderijen, de kerk en de toren platgebrand, de gewassen vernield en het vee gedood. Rond 1580 was het rustig en veilig genoeg om met de wederopbouw in en rondom de dorpskern te beginnen. De landerijen waren er slecht aan toe, omdat grote delen tijdens de belegering van Leiden onder water waren gezet, ook met het zoute zeewater. Hierdoor was pas vanaf het begin van de 17de eeuw het land weer geschikt voor landbouw. De rijke burgers in de steden profiteerden van deze malaise en investeerden massaal in deze landerijen, met als doel er fraaie
buitenhuizen met siertuinen aan te leggen.
In 1615, midden in de periode van het Twaalfjarig Bestand 1609-1621), verkreeg Johan van Wassenaer van Duivenvoorde zowel de lage als de hoge Ambachtsheerlijkheden van Voorschoten. Alle bestuurlijke en juridische bevoegdheden kwamen daardoor in dezelfde hand. Bij deze nieuwe positie hoorde een eigen Ambachtshuis, dat in 1635 voor Johan werd gebouwd. In zekere zin markeerde deze gebeurtenis de geboorte van Voorschoten als zelfstandige gemeente.
De toenemende welvaart zorgde ook voor een grotere stroom van personen en goederen. Transport vond voornamelijk over water plaats, omdat de wegen slecht waren. De doorgaande weg, wat nu de Leidseweg en de Veurseweg is, was tot 1820 een zandweg verhard met puin. Het goederenvervoer ging over de Vliet met een verlaadpunt bij de korenmolen op de hoek met de Molenlaan. Via de Kerksloot bereikten de schuiten het centrum van Voorschoten.
Ten dienste van het personenvervoer werd in 1638 werd de Trekvaart aangelegd met langs de Vliet een jaagpad, waar paarden de vrachtschuiten konden voorttrekken. Door deze nieuwe snelle verbinding werd de reistijd van Delft naar Leiden bekort tot drie uur. En ook hier was de korenmolen opstapplaats voor passagiers die naar Leiden of naar Den Haag of Delft wilden reizen.
Tekening van J.Timmermans (1751-1829) van Vredenhoef, ca. 1788.
‘t Huis Roukoop onder Rhijnland bij Voorschoten 1716
Buitenplaats Welgelegen omstreeks 1895 Collectie Museum Voorschoten
Het Huis te Duyvenvoorde 17e eeuwse gravure.
Pieter de Neyn (1597-1639) Kerk van Voorschoten aan de Agterweg 1635 particuliere collectie
Dorp Voorschoten. Dorp en kerk aan het water. 17e eeuwse gravure